Nació en Alcoy en 1961. En el año 1979 se traslada a Madrid, donde trabaja como fotógrafo de prensa y publicidad.

En el año 1982 monta la productora “ISIS” junto a José Luis Lozano. Producen una serie de cortometrajes/video-clips con numerosos premios en festivales: “Embrujada” de Tino Casal, “Lobo Hombre en París” de La Unión, “El hombre Lobo” de Azul y Negro, etc.

A partir del año 1984 se dedica a trabajar tanto en cine como en publicidad como ayte. de dirección con directores como Gonzalo Suárez, Manolo Gómez Pereira, Pilar Miró, Carlos Saura, José Luis García Sánchez, etc,. Jefe de producción y location Manager en películas como “Indiana Jones the last cruzaide”, “James Bond 18, 19”, “The adventures of Baron Muntchausen”…, así como en infinidad de anuncios de publicidad.

En el año 2001 monta su productora TROTO INT. S.L. Tras cuatro años de trabajo, logra dirigir Y co-producir su primer largometraje “SOLO MIA” escrito junto a Álvaro García Mohedano, que es recibido con muy buenas críticas de prensa y público. Este largometraje protagonizado por Sergi López y Paz Vega es nominado a 4 Goyas: “mejor actor principal” (SEGI LOPEZ), “mejor actriz principal”(PAZ VEGA), “ mejor canción original” (CLARA MONTES) y “mejor director novel” de ese año.

En el año 2004 dirige y co-produce su segundo largometraje “ESCUELA DE SEDUCCION” protagonizado por Victoria Abril y Javier Veiga.

En el año 2008 dirige el documental “DEL FONDO DE LA NOCHE” en la República Dominicana, con equipo artístico y técnico completamente local. Con este documental gana en el 2008 en el festival de Philadelphia el PREMIO ESPECIAL AL MEJOR DOCUMENTAL DEL FESTIVAL DE PHILAELPHIA.
En el 2010 dirige y produce un documental sobre la historia del caballo titulado “FROUNSYYA” para los Emiratos Arabes Unidos.

Desde el 2010 al 2014 compagina su trabajo entre España y Emiratos Árabes Unidos.
En el 2012 dirige “CONTRASTES” una serie dramática con puntos de comedia, buscando la crítica a la sociedad en la que vivimos, y “BAILAS?”, una serie musical/juvenil con toques de comedia.

En EL 2016 dirige y produce “CERVANTES LA BUSQUEDA”. Un documental que narra el trabajo de investigación, excavación y descubrimiento de los restos de Miguel de Cervantes en el Convento de las Trinitarias de Madrid en 2016, con las declaraciones de testigos y protagonistas del hecho…, incluido el propio Miguel de Cervantes. Con este documental gana Premio al mejor proyecto Literario-Audiovisual en la Feria del Libro de Madrid (2016) y el premio del público en el FICAB 2017 (Festival de cine arqueológico de Bidasoa).

Actualmente Javier Balaguer se encuentra preparando una nueva película, “Quema mi vida”, que reflejará el problema del consumo de drogas entre los menores.